Pierwsza wzmianka o Głogoczowie pochodzi z roku 1254, wtedy to Klemens i Marek, synowie Marka - wojewody krakowskiego, potwierdzili nadanie wsi Głogoczów opactwu Cysterskiemu w Szczyrzycu, którego dokonał ich stryj Teodor. Dokument ten wydany za czasów księcia krakowskiego Bolesława Wstydliwego nadawał opactwu w Szczyrzycu wsie Głogoczów, Mogilany i Włosań. Odtąd miejscowości te były związane ze sobą aż do połowy XX wieku. Kiedy nasza miejscowość faktycznie powstała trudno określić, ale porównując okoliczne miejscowości, czyli Mogilany i Radziszów, musiało to nastąpić na początku XIII wieku. Wtedy to następuje kolonizacja „Wielkiego Lasu - silva magna”, który rozciągał się na południe od Krakowa i był naturalna granicą z Węgrami. Nasza miejscowość jest jedną z najstarszych w powiecie myślenickim, a o samych Myślenicach pierwsza wzmianka odnotowana jest z 1253 roku.
Zasadźca, który zakładał naszą wieś a później stał się jej pierwszym sołtysem, lokował się prawdopodobnie w miejscu dzisiejszego lamusu dworskiego. Po zamianie wsi pomiędzy Wawrzyńcem Spytkiem Jordanem z Zakliczyna a opatem Szczyrzyckim Janem Janowskim w 1560 roku, powstał na terenach pierwszego sołectwa obronny renesansowy dwór, który później stał się lamusem dworskim. Podobny dwór powstał w Mogilanach, został on jednak rozebrany w XIX wieku, a część materiałów użyto do budowy nowego dworu.
Drugie sołectwo utworzono na pograniczu Głogoczowa, Włosani i Krzyszkowic. Powstało prawdopodobnie pod koniec XV wieku. W 1512 roku szlachcic Maciej Pornicki z Olszowic sprzedał je Mikołajowi Zagórskiemu. Maciej Zagórski w 1518 roku najpierw zastawił to sołectwo a następnie sprzedał opatowi Szczyrzyckiemu Stanisławowi. W ten sposób oba sołectwa zostały połączone. Pozostałością po drugim sołectwie jest dzielnica Głogoczowa – Zagorzeniec, której nazwa wywodzi się od Mikołaja Zagórskiego.